万历命孙海附耳过来，悄声吩咐了几句，孙海便躬身出去，只留下李全跪在地上。李全忐忑不安的偷眼去睨皇帝，只见万历负手站在御案前，眼睛盯着檀香炉中的袅袅白烟，仿佛在回想某些人和事。
不一会儿，外面响起沉重的脚步声，孙海带着四名孔武有力的提刑司太监进来。这时候，万历才开启紧抿的嘴唇道：“李全，你可知罪！”
“奴婢，奴婢……”李全惶恐道：“奴婢何罪之有？”
“何罪之有？”万历断喝一声，指着那些奏章道：“朕已经有言在先，一切奏章须经司礼监查验，对于敢言夺情之事的弹章，一律直接送锦衣卫，不得上呈，这是怎么回事？”他的眼中寒芒闪烁道：“你这个吃里扒外的东西，怎敢顶风作案，以上贺表为名，把这些玩意儿送到朕的面前！”
听到万历问到这个，李全才知事态严重，颤声答道：“这不干奴婢的事啊。奴婢只是转呈而已，方才在东暖阁的宫人都看见了，是秉笔太监侯义带着那些奏章到门口。奴婢满以为，他们已经查验过了，这才接过来，就直接呈送了。”
“还敢狡辩！”万历一拍桌案，厉喝道：“且不说什么猴太监、鸡太监，单说你是不是司礼监掌印，司礼监出了问题，你要不要负责？！”
“要……”李全垂头丧气道。
“要就好！”万历望向站在头前提刑太监道：“周必正，事情你都知道了，这李全该当何罪？”
提刑太监周必正这会儿犯了难，这种事情可大可小，说轻了皇帝肯定生气，说重了万一将来李全报复自己，也吃不了兜着走。心里一急，倒憋出了一个主意，恭声答道：“应该廷杖！”神奇的廷杖啊，可重可轻，存乎一心。
这是个可轻可重的处置，倒正中了万历的下怀，马上点头道：“就按你说的办，廷杖！你替朕重重地打！”说着将手向外一摆，道：“就在这门外打，叫那些不懂事儿的奴才都长长记性！”感情皇帝在午门外打出心得来了，要如法炮制，整顿内廷。
“奴婢一定长记性……”这种惩罚，让李全连求饶的话都没法说，只能任由几个提刑太监带了下去。
不一会儿，宫里各处监局的头面太监，都被召集来了，在东暖阁外的广场上站好。那边提刑司太监也把李全扒成光猪，准备好行刑了。
安排好一切，周必正才想起，皇帝光说廷杖了，可没说多少下。回头一看，只见万历负手站在门口，正一脸阴沉地望着场中。周必正赶紧小跑过去，跪下问道：“敢问皇上，廷杖多少下？”万历冷冷道：“只管打就是了，别再多嘴！”
“打……”周必正站起来转身下令。于是刚打过文臣的大杖，又落在了太监头子身上。唯一不同的是，因为担心吵到西暖阁的太后，皇帝没有让人取下李全的嚼头。
一干太监瑟瑟发抖的看着掌印太监被打的血肉横飞，有些胆小的，干脆闭上眼不敢看。万历却嘴角挂着复仇的快意，瞪大眼睛，一下都不肯漏过。
期间，李太后还是听到动静，过来看了一趟，见把李全打得不成人形，有点沉不住气道：“阿弥陀佛！打得不行了，皇上罢手了吧……”万历却笑笑道：“母后，您别管，这里有朕呢！回去歇着吧……”
李太后看看儿子一脸镇定的表情，鼻子一酸，眼里溅出泪花道：“皇上有主意了，母后不管了……”便在女官簇拥下回西暖阁念经去了。
送走了太后，万历回来发现板子停了，人也一动不动了。登时怒道：“谁让你们停下的！”
周必正赶紧过来禀报说：“皇上，李全已昏死过去了……”
万历看看周必正，那双像极了乃祖的狭长双目微眯道：“昏死，那就是还没死……”
“是……”周必正畏惧的望着年轻的皇帝，心里第一次把他当成真正的皇帝。
“你也要徇私么？”万历冷冷地看着他道。
“奴婢不敢……”周必正赶紧跪地摇头道。
“朕来问你，隆庆六年，廷杖他的前任时。”万历幽幽道：“打了多少杖？”
“回皇上，是四十杖。”周必正恍然明白了，李公公这顿无妄之灾，其实来得一点也不冤。
“当年四十杖，就能把朕的大伴活活打死……”万历眼中闪着泪花，脸上却杀气腾腾道：“现在的四十杖，却只把他打个半死，周必正啊周必正，我看你是想和他做伴。”
“奴婢不敢！”周必正猛地磕头，大声道：“回禀万岁爷，方才一共打了三十九杖，离四十杖还有一下！”
“好，打不死他，死的就是你。”万历冷冷道。
周必正打个寒噤，大声应下，立刻回到外头，看李全时，已悠悠地醒了过来……不错，提刑司的人手下留情了，别看打得不成人形，但其实只是皮肉伤，如果这就回去，抹上宫廷秘制的金疮药，不出一个月，就能起来跑步了。
然而周必正已经没法再留情了，他看了一下左右的打手，走上前对李全拱拱手，大声说道：“李公公，非是小人手下不留情，万岁爷今儿个是要您的命，君要臣死，臣不得不死，您一路走好吧。”看着李全眼里的绝望惊恐，周必正暗暗一叹道：“念你我多年交情，兄弟叫他们下得利索一点儿，包您少吃苦头……”说着便一挥手，早就准备好了的行刑太监，举起廷杖照李全脑后狠劈一棒。李全的腿蹬了几蹬，便七窍流血，呜呼哀哉了……
万历这才觉得心中郁气稍平，起身欲归，挥挥手道：“都散了吧。”
“奴婢告退……”太监们齐刷刷磕头退下，比来的时候规矩多了。
提刑司用毡子把李全卷了运去化人场，然后西暖阁的小太监端来水和毛巾，清洗着地砖上的血迹和碎肉。
‘大伴，朕今天终于为你报仇了……’万历依然站在门口，他抬头望着天空，泪水流过双颊，暗暗道：‘原来报仇是这么简单，可笑朕还忍了他多少年……要是你还在，朕肯定不会懵懵懂懂这么多年……’
※※※
当天下午，邹元标等十三人又被逮捕，没有午门示众的待遇，连夜就在镇抚司执行廷杖。与此同时，万历对群臣下了一道严厉的敕谕：‘朕身为君主，有权决定大臣的进退予夺；张居正身任天下之事，岂容一日去朕左右？群奸小人借纲常之说，行排挤之计，就是要孤立朕。今后若有邪恶之徒再欺君罔上，定罪不饶！’
这一桩桩事情，猛烈地冲击着人们的心脏，然而最叫人震惊的事情却是在半夜发生。在这个不太平的日子里，连老天爷都跟着凑热闹……
这天夜里，位于皇城之东，鸿胪寺以南的钦天监中，钦天监正罗明坚，正在和他的助手利玛窦，以及他的学生邢云路、徐光启、正在用一台刚架设不久的大号望远镜观测璀璨的夜空。
今夜无云，正是观测的好时节，那个叫徐光启的年轻人，在老师的指导下，把镜头指向了月亮。只见他平时熟悉的那个千娇百媚、美轮美奂的硬盘，在望远镜中，却成了一张千疮百孔、丑陋不堪的‘大麻脸’，不由吃惊道：“天哪，这就是嫦娥住的地方？！”
他的老师罗明坚，是个有着大鼻子，蓝眼睛的欧洲人，身上却穿着正五品的大明官服。这毫无疑问的说明，他正是钦天监的主人，大明朝的钦天监正。让一个‘西夷’、‘生蕃’担任承担观察天象、颁布立法的重要部门的负责人，这放在十几年前，是谁也想不到的。然而事实上，西洋人把持两京钦天监，已经有十多年的历史了。
这一切，还得从当年的沙勿略神父说起，在沈默的庇护下，沙神父在嘉靖末年抵达了北京，并在隆庆初年见到了皇帝，进献了各种西洋玩物。其中的西洋乐器和钟表，深得皇家喜爱。因为乐器和钟表都需要定期调试，皇帝便给了他大明子民的身份，允许其在北京常住。
沙勿略精通汉语，对《四书》、《五经》等儒学经典的造诣，甚至超过了许多明朝官员，他也因此成为京城各种聚会的座上客，因此结识了很多高官名士，甚至于其中不少人相交莫逆。
博学多才、品质高贵、温和优雅的沙神父，用自己不懈的努力，改变着大明朝皇帝、官员、甚至百姓，对西洋人的看法，证明欧洲人不是野蛮人，而是有着同样高度发达文明的，只不过毛多了点而已……
经过三年多的不懈努力，沙勿略终于实现了他的毕生夙愿，隆庆皇帝允许他在京城修建一座教堂，并传播自己的宗教。在朋友的帮助下，沙勿略在玄武门内买到一处地产，并重建为教堂。到了万历三年，教堂竣工，看着富丽堂皇的巴洛克风格建筑，沙勿略此生无憾，含笑长逝……遵照他的遗愿，沙神父的灵柩被安葬在教堂后的空地上，在管风琴的优雅乐声中，永远地陪伴着自己的孩子。
沙勿略虽然去世了，但他毕生的心血，已经结出累累硕果。在北京十年间，经他洗礼入会的教徒，达到八千多人，其中不乏高官、名士……这还是沙勿略接受了沈默的劝告或者说警告，控制了入会人数。否则以他和他的，治病救人，布施贫苦，以及那套成熟的神论，在北京城拉起个几万人的帮派，是绝对没有问题的。
沙勿略很清楚自己的使命，只是要让天主教在大明朝站稳脚跟，至于发扬光大的事情，那是该后辈来完成的。所以他很认同沈默给出的：‘控制数量，以质取胜；建立口碑，长远取胜’的方针。
而且他也意识到，仅靠学习汉话，熟读儒家经典，并不能真正赢得明朝人的尊重……士大夫们只会把他们当成是唐朝的各国遣唐使，慕名来学习中华文化的后进而已。要想赢得他们的尊重，还得拿出强过他们的东西，因为在接触中他发现，明朝的士大夫，对于未曾认识的东西，十分好奇，很尊重掌握这种知识的人，并且能够虚心学习。
这个年代的欧洲，有什么比大明强的呢，那就是科学……
所以沙勿略把自己的居处，变成了传播科学文化的科技馆，并让耶稣会派来的传教士，向他们讲解天文、地理、数学、医学、音乐、美术等多方面知识。许多大明的官员和读书人都在他们这里，开启了对科学的兴趣，并兴致高昂的学习。大明的最高学府国子监，还聘请了这些传教士，教授在监生们实用的科学知识……这一切都使得天主教在大明拥有了良好的声誉，并且蒙上了几分神秘色彩。
沙勿略去世后，他的这一政策，得到了继任者罗明坚的坚定贯彻。而罗明坚本人，更是指出现行历法中的错误，撰写了修订历法方面的奏章，通过朋友递交给朝廷。
在沈默的高度重视下，经过比较实践，发现罗明坚制定的历法，确实要比本朝更先进。然而保守势力极力反对用‘西法’制历，认为只有宋代理学的‘皇极经世’才适用于中国历法，所以坚持唐朝的皇极历法。
然而之后两次日蚀，用传统方法预报错误，而罗明坚用西法预测则十分准确，这才迫使朝廷接受西法，编出‘万历历书’，并由首辅沈默定名为‘农历’。虽然由于守旧派的极力反对，‘农历’暂时并未实行，却为罗明坚谋得了这份钦天监正的差事。