事情的发展果然不出所料，沈默与内阁、六部的大佬真诚沟通以后，取得了他们的谅解。第二天，便一个不落的上疏，请求退回因为那次大捷所得的恩赏。
同一天，光懋的奏章登上邸报，打消了朝野间对内阁是否会‘捂盖子’的疑虑。稍晚些的时候，内阁召集部院大臣举行廷议，决定组成以刑部左侍郎，左副都御史为首的强大专案组，立即起程前往辽东调查此案。
报上去之后，皇帝又加上司礼监的石太监，代表宫里监督办案，做足了严查的姿态。
专案组一去就是三个月，期间从李成梁、张学颜这样的藩臬镇守到偏裨校佐，甚至行商土著口外流民，都拨草寻蛇、细致入微的作了详尽调查，光整理出来的材料，就足足三千多页。
简单说来——长定堡一役中，那支投降的队伍，是朵颜部董狐狸的侄子阿毛黑的部落，因为受不了董狐狸父子的欺压，又担心部落被吞并，故而杀了董狐狸的儿子，带着全部落老老少少前来长定堡乞降，以寻求明军的保护。但因为双方交战多年，彼此毫无信任可言。所以阿毛黑命妇孺在二十里外等候，自己带着男人们先去表明降意，待确认安全后再汇合。
明军这边，守堡的李如松虽然接到对方的降书。见那么多人赶骡子骑马的冲关而来，而且其中没有妇孺，认为是虏酋率众来犯，用的诈降之计。便趁敌骑未稳，大开关门掩杀过去。前来乞降的人群猝不及防，纷纷四下里逃窜。但李如松的部队太过彪悍，转眼就把他们砍杀殆尽。
因为担心有埋伏，李如松没有进行追击。事后监军御史从辽阳赶来清点首级，确认都是鞑子青壮无误，便上奏朝廷，为李如松请功。可以确定的是，直到请功时，明军上下还都认为，这是来诈降的敌人，而没有意识到杀错了人。
而且还有一种说法是，虽然没有伏兵，但阿毛黑确实是诈降，为的是跟董狐狸里应外合，就像当年宋朝李元昊做过的那样，打开被动的局面。但因为李如松不问青红皂白，就把他们杀了个干净，这种说法已经无从查证。
最后的结论是，杀俘之事，或而有之，但冒功之说，不能成立。而且边关情势复杂、瞬息万变，在事情没有发生之前，谁都不敢否认每种可能。李如松年仅二十，年轻没有经验，所以采取了最保险的方法，也不能说有错。不过董狐狸用这个例子，反复教育他的族人说，这就是投降的下场，确实给招安蒙人增加了难度。
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报告用六百里加急送回北京，皇帝一看就明白，几乎把所有人都摘干净了……就连实在逃不掉的李如松，也不过是‘因为年轻’，才犯了‘鲁莽’的错。
“袒护，掩饰的再好也是袒护！”东暖阁里，万历怒不可遏地拍着桌子道：“这是拿着朕当孩子耍呢，还是以为天下人都是傻子？！”
“主子息怒……”乾清宫的太监跪了一地。当然只有他们在场，没有外人的时候，万历才敢发这么大的火。
对于沈默的老练手腕，万历还无法完全体会，所以稀里糊涂地，便又成了文官抱团和他这个皇帝作对的局面。其实，这种事应该快刀斩乱麻，不能留给那班大臣沟通贸易的机会。当然皇帝也没有那么快的刀……
结果在最初各算小账的混乱后，文官武将们都意识到，没有比‘大事化小，小事化了’，更好的结果了。况且在证明死的确实是鞑子青壮，而不是汉人后，朝野声讨的浪潮，一下小了很多。原因很简单，近百年来，蒙古人反复侵略北方各省，烧杀抢掠、无恶不作，可从没对汉人客气过。所以别说两千冤魂，就是两万，也引不起民众的愤怒来，反而会说杀得好，谁让他们不长眼……没有舆论的压力，那些大臣更加胆大妄为，终究是把一桩惊天大案，办成了年轻人犯的错误。这样一来，辽东的一干文武逃出生天，京城的大佬们也颜面无损，可谓皆大欢喜。
“但是你们把朕置于何地？”万历皇帝愤怒的咆哮道：“弄了半天，又成了我年轻不懂事，你们为我擦屁股了！还想再怎么羞辱朕！”朝廷上下、文官武将，在这件事中表现出来的可怕默契，却深深地触怒了年轻的皇帝，在把能砸的东西都砸得稀巴烂后，万历再也压抑不住长久的渴望……他要拥有一支完全忠于自己的力量，来和那些表面上恭恭敬敬、实际上丝毫不把自己放在眼里的大臣对抗！
锦衣卫还是太不顺手了，而且通过一系列事件，万历已经隐隐察觉到，这支天子亲军已经被人渗透得不像样子，干点一般的差事没问题，要想靠他们干些私密的事儿，非得指望破鞋扎烂了脚。
这个世界任何人都不能完全信任，除了和他从小长到大的太监！
当然，这肯定又捅了文官的马蜂，所以只能先暗中谋划，好在有了那一百万两的经费，也不用看外廷的脸色。至于让谁主持，万历看看身边，把目光落在最亲信的太监孙海身上。
“朕让你寻找昔日东厂的骨干，你可曾对人讲过？”这一日，万历皇帝在太液湖边的凉亭中，望着满湖残荷，轻声问身后侍立着的孙海道。
“没有。”孙海哈着腰答道，“奴婢怕下头人乱猜万岁爷的心思，连太后问起来，都不敢透个口风。”
“你做得对。”万历紧绷的脸上露了一点霁色，他又问道，“你说，朕为何要找这些人？”
“这……”孙海倒吸了一口冷气，嗫嚅着说，“这个，奴婢不敢乱猜。”
“只管说，说错了，朕恕你无罪。”万历的语气和蔼了些。
有了这句话，孙海胆子略壮了些，小声道：“奴婢猜想，万岁爷大概因为一次次被外廷欺负，已是伤透了心。因此就想找些厉害的帮手，当年东厂被解散后，许多此道高手或是埋名避祸，或是被发配充军，但确实大都还活着，仅京城就有不少人……”
孙海说到此处，再也不敢往下讲了。因为他看到万历的双眼噙满了泪水。过了一会儿，见万历还是在那里发愣，只好轻声唤道：“主子爷……”
“嗯……”朱翊钧叹息一声，随手揩掉眼眶的泪水道：“你说的不错，朕确实被那些文官欺负惨了，这紫禁城，成了朕的囚牢啦！皇帝当到这个分儿上，还有什么意思？”说着重重吐出口浊气道：“我算是理解那位叔祖，为什么总想着逃离这紫禁城了，就算浪迹天涯，也比现在这样，被人阳奉阴违强！”
孙海猛地跪下，哽咽着劝道：“主子爷，您千万不要这样想，你是威加四海的太平天子啊！别人不听您的，这宫里的一万奴才，却是可以为您赴汤蹈火的！只要您一声令下，谁敢欺负您，我们就提刀他剁了！”
“说得好！”见成功激起他的忠忱和杀气，万历终于道出心意，他急促的在亭子里踱着步，双手激动的挥舞道：“朕明白了祖宗，为何要在文官系统外，另设厂卫了！因为那些家伙太不老实了，必须时刻盯着，稍有异动，严惩不贷，这样才能维护朕的权威！现在锦衣卫已经不能信任了，所以朕准备恢复东厂，你来当这万历朝的第一任厂督！”顿一下道：“当然东厂这个牌子已经臭了，朕给你想好了个新名字，叫内缉事厂！”
“内厂？”孙海眼前一亮道：“一听就是为皇上服务的，比东厂贴切多了，皇上真是好学问。”
“把你爱拍马屁的习惯收一收。”万历同样难掩兴奋道：“当厂公的人了，得有些威严才对。”
“那是对下面人，在皇上面前，奴婢永远是奴婢。”孙海要是不会说话，岂能从这么多太监中脱颖而出？
“记着朕的话，只要今日这份忠心保持不变，朕就永远不负你！”万历重重拍着他的肩膀道。
“是……”孙海激动的热泪盈眶。
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领了皇命之后，孙海便带着他找来的那几个东厂骨干，开始忙活着搭班子建厂。因为皇上认为，宫外的人统统不可信，孙海他们只好从宫里一万多名太监中，挑选出精明强干者几十人，孔武有力者数百人。万历七年刚出了正月，就在一处偏僻的宫舍中，正式挂牌开业了。
万历皇帝对这个草台班子，寄予了深深厚望，开业那天他亲自驾到讲话，勉励他们早日恢复昔日东厂的威风！成为皇帝手中，人人胆寒的利剑！
那些个东厂时期的老家伙，听了不禁面色怪异，心说，皇上看小说看多了吧？从刘瑾以后，咱们东厂哪里威风过？
因为汲取正德朝的教训，嘉靖皇帝对太监充满戒心，始终只让他们冲茶倒水，干些奴才该干的事儿。而且有陆炳那位皇帝的奶兄弟在，锦衣卫始终把东厂压得死死的。到了晚年，嘉靖皇帝的思想转变了，想提高下他们的地位，却因为陈洪谋逆，不得不清洗了东厂。隆庆朝的太监地位倒是直线上升，无奈权臣时代已经来临，一直把他们压得死死的。短暂的隆庆朝后，冯保案发，东厂直接连根拔起……
所以皇帝说起‘威风’，老家伙们都不以为然，要是那么简单，我们也不会被压了这么多年。
事实证明，他们是对的。内厂刚刚挂牌，反对的声音铺天盖地而来。无论是官方的邸报，还是民间的报纸，都连篇累牍的刊登反对特务政治的文章。其中不乏公卿大臣，地方督抚，人们纷纷抚今忆昔，痛陈宦官干政、特务政治的危害。并把英宗北狩，武宗和先帝猝死的责任，统统安在了太监头上。仿佛皇帝只要敢让太监掌权，就离死不远了似的。
之前无论是夺情事件，还是冒功事件，文官们中间，总是有不同的声音。这次却齐刷刷的毫无杂音，只有反对！反对！再反对！
万历起先决心很足，要不理会任何反对，将内厂坚持下去。为此他又下了中旨，要给内厂秘密侦缉、逮捕之权，被六科直接封驳，并明确告诉皇帝，王振、刘瑾、冯保的历史证明，特务政治已经威胁到国家的根本，现在好不容易才消灭，岂能让它死灰复燃？
总之，是绝度不会同意的。
万历这次来了拗劲儿，他直接把手谕下到沈默那里，命他制止舆论喧哗，并支持内厂设立。言辞间有把这一切，归咎于沈默暗中指使的意思。
沈默受到皇帝的指责，只好上书请辞，皇帝是真想批。可他也很清楚，只要自己敢批，马上百官就会集体上书请辞，让自己当光杆司令。虽然他真想让这些人都滚，好叫世界清静。
事情又回到了似曾相识的那个点上，如果是世宗皇帝，肯定毫不犹豫的让他们全都滚蛋。然而万历虽然像极了乃祖，但关键时刻总差那么一口气，在最需要做决断的时候，显得优柔寡断。
他的父亲，毕竟是那位为了大局，委曲求全的隆庆皇帝啊……
反复斟酌之后，万历驳回了沈默的请辞。然而那些士大夫却不领情，他们前赴后继，一本接一本的上疏，看起来好像永无穷尽的疲劳轰炸。万历终于又有机会，挥舞他最爱的廷杖。但他竟然克制住了，因为之前挨过廷杖的吴中行、赵用贤等人，已经成为了士人争相结识的天下名士。这种赤裸裸的打脸行为，让万历意兴索然。